Tekopohjaveden muodostaminen on ympäristöystävällinen tapa käsitellä vettä, sillä se kuluttaa huomattavasti vähemmän kemikaaleja kuin kemiallinen pintavedenkäsittely. Saostuskemikaalia ei tarvita, mikä tarkoittaa miljoonan kilon vähennystä vuodessa.  

Pintavedenkäsittelystä syntyvien jätevesien (huuhtelu- ja pesuvesien) määrä vähenee vuosittain  miljoona kuutiometriä.

Tekopohjavesilaitoksen hiilijalanjälki on noin 30 g CO₂e tuotettua talousvesikuutiota kohti, kun esimerkiksi vastaavan pintavesilaitoksen hiilijalanjälki on noin 150 g CO₂e tuotettua talousvesikuutiota kohti eli noin viisinkertainen tekopohjavesilaitokseen verrattuna. (Vedenhankintaselvitys)

Tekopohjavesilaitoksen tuotantoalueet TUA1 ja TUA2 sijoittuvat osittain Keisarinharjun–Vehoniemenharjun Natura-alueelle Kangasalla. Hankkeella ei kuitenkaan ole merkittäviä haitallisia vaikutuksia Natura-alueen suojeluarvoille eikä alueen eheydelle.  

Hankkeen Natura-vaikutusten merkitys on arvioitu lainvoimaisesti korkeimman hallinto-oikeuden toimesta. Hanke ei heikennä merkittävästi alueen eheyttä tai niitä luontoarvoja, joiden suojelemiseksi Natura 2000 -alue on perustettu. Suojeltavan luontotyypin ominaispiirteet pysyvät pitkällä aikavälillä vakaana ja suojelutavoitteet eivät vaarannu. Harjumetsien levinneisyys heikkenee vain noin 1%:lla. 

Tekopohjavesilaitoksen tuotantoalue TUA3 sijoittuu Keiniänrannan Natura-alueen läheisyyteen Pälkäneellä, mutta mitään tekopohjavesilaitoksen rakenteita ei sijoiteta Natura-alueelle. Tekopohjavesilaitoksen toiminta voi aiheuttaa muutoksia Keiniänrannan hydrologiassa (virtaamissa sekä pohjavesi- ja avovesipintojen tasoissa), vedenlaadussa sekä purkautuvan pohjaveden lämpötilassa. Hanke ei kuitenkaan merkittävästi heikennä Keiniänrannan Natura-alueen eheyttä ja koskemattomuutta, eivätkä suojelutavoitteet vaarannu. Tekopohjavesilaitoksen toiminnan vaikutukset tunnetaan ja vaikutuksia hallitaan tarkkailutuloksiin perustuen tekopohjavesilaitoksen ajotavalla. 

Aluehallintoviraston päätöksen mukaan hanke ei heikennä merkittävästi Natura 2000 -verkostoon kuuluvan alueen suojelun perusteena olevia luontoarvoja.